Indeks keanekaragaman Shannon-Wiener (H’) menggambarkan kekayaan variasi jenis tumbuhan dalam suatu ekosistem. Indeks keanekaragaman hayati di BMC tercatat sebesar 0,64 pada tahun 2018, pada dokumen baseline study menunjukan adanya trend kenaikan indeks keanekaragaman flora menjadi 0,80 pada tahun 2019 dan 1,03 pada tahun 2020. Adanya peningkatan nilai keanekaragaman ini merupakan implikasi dari hasil suksesi alami yang dapat berjalan ketika ekosistem sekunder dilindungi dari gangguan pembalakan maupun alih fungsi lahan dan upaya intervensi suksesi dengan penanaman pengayaan di sela-sela pohon dewasa dan di area garis pantai yang berhadapan langsung dengan lepas pantai dan sempadan sekitar muara sungai.

Pada tahun 2020 ke 2021, indeks keanekaragaman juga mengalami kenaikan dari 1,03 di tahun 2020 menjadi 1,12 di tahun 2021. Indeks keanekaragaman kembali mengalami penurunan di tahun 2022 menjadi 1,10. Hal ini disebabkan oleh adanya dinamika ekosistem dimana semakin bertambah usia pohon maka akan terjadi interaksi ekologis. Dalam suatu ekosistem tersebut, pohon akan saling berkompetisi untuk bertahan hidup, yang bertahan akan hidup dan yang lainnya akan mati karena kurang kompetitif dalam memperoleh unsur hara. Namun, penurunan nilai indeks keanekaragaman tersebut tidak terlalu signifikan dari tahun sebelumnya.

Keberadaan BMC ini termasuk sangat penting untuk konservasi keanekaragaman hayati bagi area sekitarnya. Faktor habitat menjadi kunci dari keragaman, kemerataan, dan dominansi fauna. Berdasarkan data pengamatan pada tahun-tahun sebelumnya, jenis fauna yang dijumpai mengalami peningkatan. Pada tahun 2020 ditemukan 14 jenis burung dari 9 famili dan satu jenis reptil. Pada tahun 2021 pengamatan jenis burung ditemukan 25 Famili dengan 36 jenis. Bila dilihat secara kurva maka akan tercipta trend peningkatan jumlah jenis di lokasi pengamatan. Peningkatan kenaikan jumlah jenis burung ini juga dibarengi dengan munculnya jenis-jenis baru yang baru teramati pada tahun 2022. Oleh karenanya bila diakumulasikan seluruh jenis yang didapatkan maka akan ditemukan total perjumpan 56 jenis. Namun jenis yang baru muncul (new record list) di tahun 2022 ini terdapat 20 jenis. Kenaikan jenis ini seiring berjalan dengan semakin baik kondisi mangrove yang ada di BMC. Sejalan dengan hal tersebut, mangrove di area BMC semakin bertumbuh dan menjadi habitat yang semakin baik untuk fauna burung.

Secara indeks, lokasi BMC ini dapat memperlihatkan keanekaragaman yang cukup tinggi. Pada lokasi-lokasi ini didapatkan indeks keanekaragaman (H’) ialah 2,98 yang menandakan lokasi ini memiliki keanekargaman yang sedang menuju ke tinggi. Sementara kemerataan (E) memiliki nilai yang tingi yaitu sebesar 0,79 yang menandakan lokasi ini memiliki jenis-jenis yang sudah lebih stabil dan mantap. Lalu terkait dominansi, lokasi ini memiliki lima jenis yang berstatus dominan yaitu Bondol peking (Lonchura punctulata), Kuntul besar (Casmerodius albus), Kuntul kecil (Egretta garzetta), Remetuk laut (Gerygone sulphurea), dan Trinil pantai (Actitis hypoleucos). Status keterancaman fauna didasarkan pada status yang diberikan oleh IUCN untuk mengukur tingkat kelangkaan suatu spesies secara global. Status keterancaman ini menurut IUCN Red List (2016). Status keterancaman yang diberikan: status Kritis (CE/Critically Endangered), Genting (EN/Endangered Species), Rentan (VU/Vurnerable), Mendekati terancam punah (NT/Near Thratened), dan Risiko rendah (LC/Leas Concern). Status perdagangan Internasional berdasarkan CITES (konvensi internasional untuk perdagangan satwa yang terancam punah). Konvensi ini menggolongkan jenis-jenis satwa dalam daftar Apendiks:

• Apendiks I : Jenis-jenis yang telah terancam kepunahan dan perdagangannya harus diatur dengan aturan yang benar-benar ketat dan hanya dibenarkan untuk hal-hal khusus.
• Apendiks II : Jenis-jenis yang populasinya genting mendekati terancam punah sehingga kontrol perdagangannya secara ketat dan diatur dengan aturan yang ketat.
• Apendiks III : Jenis-jenis yang dilindungi dalam batas-batas kawasan habitatnya, dan suatu saat peringkatnya bisa dinaikkan ke dalam Apendiks II atau Apendiks I
• Non Apendiks (-) : Jenis-jenis yang belum terdaftar dalam penggolongan di atas.

Status Perlindungan oleh pemerintah yang mengacu pada peraturan perundang-undangan Republik Indonesia PP No. 7 tahun 1999 tentang Pengawetan Jenis Tumbuhan dan Satwa cq Peraturan Menteri Lingkungan Hidup dan Kehutanan No. P.106 tahun 2018 tentang peraturan pengganti P.106 tahun 2018 tentang daftar jenis tumbuhan dan satwa liar yang dilindungi. Secara keseluruhan terdapat dua jenis burung yang memiliki status keterancama NT (Near Thratned/Mendekati terancam punah), satu jenis memiliki status DD (Data Deficient/Kurang Data), satu jenis masuk dalam kategori Appendix II CITES, serta delapan jenis dilindungi berdasarkan peraturan perundangan di Indonesia. Tabel. Status konservasi fauna di BMC tahun 2022

Secara keseluruhan temuan fauna yang ada di BMC, terdapat enam jenis yang endemik hanya ada di Indonesia. Keenam jenis tersebut merupakan fauna dari taksa burung. Sementara untuk fauna lain baik mamalia maupun herpetofauna tidak dijumpai fauna yang endemik.